熱ゆらぎを取り込み、巧みに利用する分子スケールの仕組み。 もし不確定分子モーターが実在するならば、それは生体の中に見出されるに違いない。 幾つかの実験結果は、筋肉が熱ゆらぎを利用しているということを示唆している。 特に、筋肉の出力が確率的な挙動を示すという観測結果は、筋肉が不確定分子モーターの原理を応用している有力な証拠であろう。

あるシステムが熱ゆらぎを扱う方法には、大別して以下の２つがある。

果たして筋肉は「硬い機械」なのか「やわらかい機械」なのか、現時点ではまだ決着が付いていない。

「やわらかい機械」という立場から筋肉の挙動を説明するため、これまで幾つかのモデルが提案されてきた。 代表的なモデルとしてファインマンズ・ラチェットをベースにしたものが挙げられる。 しかし、既存のモデルで熱ゆらぎの有効性をはっきりと示せたものはまだ無い。 ここにおいて、不確定分子モーターは熱ゆらぎの有効性を示す良いモデルとなり得る。 というのも、熱ゆらぎが出力に寄与するためには、出力が「不確定」となる以外に方法がないからだ。 出力エネルギーはＡＴＰからの入力エネルギーを越えない、という枠内で考える限り、「やわらかい機械」の立場から説得力のあるモデルは構築できないであろう。

不確定分子モーターの原理を応用すれば、熱ゆらぎによって出力を増大させることができる。 原理的には出力がＡＴＰの入力を上回ることさえ可能だ。 ただ、実際の筋肉ではＡＴＰ由来の自由エネルギーに比して、熱ゆらぎ由来のエネルギーの大きさは比較的小さいようだ。 それは筋肉の出力パターンの様子から伺える。

筋肉の挙動を説明するモデルとして、本論では以下の仕組みを提案する。

特にステップ５：の主張が原理的には最も重要だ。 不確定分子モーターの原理とは、
　　「出力が不確定な分だけ、熱ゆらぎをエネルギーとして利用することができる」
というものだ。 不確定分子モーターは、具体的な構造について何らかの指針を与えるものではない。 詳細な構造に立ち入らずとも、対象を１つのブラックボックスとして扱えるところに不確定分子モーターの普遍性と強みがある。 入出力のエネルギーと出力パターン数、即ち出力の有する情報エントロピーを測定することで、どれほど熱ゆらぎを有効利用しているのか、そもそも熱ゆらぎを利用しているか否かについての結論を導き出すことができる。 真に着目すべきは「情報の流れ」だったのである。