先のシミュレーション１０、１１と同様のシミュレーションを、熱浴の大きさを分子４個（又は左右２個ずつ）に変えて実施した。（シミュレーション１２と１３）
その結果、シミュレーション１２では転送回数の差異が見られ、１３に差異は少しだけ見られた。

さらに、熱浴の大きさを、分子２個（又は左右１個ずつ）に変えてシミュレーションを実施した。
結果は分子４個の場合とほぼ同様だった。

まとめると、

先のシミュレーション１０＆１１と比較して、分子数が少ない方が±転送回数の差異が顕著に表れていた。
熱浴が左右別々に分かれていても、転送回数の差異は全く無くなるわけではない。 これは、先の理由２：転送の「空回り」によって生じたものだろう。
いずれの分子数の場合でも、熱浴が一続きだった場合に比べて、左右に分割されていた方が転送回数が少なくなっていた。 熱浴が一続きだった場合には、いずれも一方向のエネルギーの流れが生じていた。

シミュレーション１２： ４個の分子から成る熱浴

シミュレーション１３： 右２個＋左２個の分子から成る熱浴

シミュレーション１２： ２個の分子から成る熱浴

シミュレーション１３： 右１個＋左１個の分子から成る熱浴