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参考文献、書籍、サイトを集めました。
半分は 「私の使った教科書リスト」 になってしまいました。
・リスト中のカッコはそれぞれ、[著者] (年月) {出版社} を表しています。

◆ Maxwell's Demon: Entropy, Information, Computing [Harvey S. Leff, Andrew F. Rex] {Princeton Series in Physics}
・On the decrease of entropy in a thermodynamic system by the intervention of intelligent beings [L.Szilard] (1929)
・Maxwell's demon cannot operate: Information and entropy. I [L.Brillouin] (1951)
・Irreversibility and heat Generation in the Computing Process [R.Landauer] (1961)
・The thermodynamics of computation - a review [C.H.Bennett] (1982)

◆ STUDIES OF NON LINEAR PROBLEMS Document LA-1940 [E.Fermi, J.Pasta, S.Ulam] (May 1955)

◆ On Computable Numbers, with an Application to the Entschedungs Problem [A.M.Turing] (Nov,1936)

◆ Computing machinery and intelligence [A.M.Turing] (Oct,1950)

◆ The maximum speed of dynamical evolution [Norman Margolus, Lev B. Levitin] (1998)

◆ Protein motors and Maxwell's demons: does mechanochemical transduction involve a thermal ratchet? [Vale, R. D., and F. Oosawa] (1990)

◆ 日経サイエンスの記事
　・計算の物理的な限界はあるか [C.H.ベネット/R.ランダウアー] (1985年 9月号)
　・悪魔とエンジンと第二法則 [C.H.ベネット] (1988年 1月号)
　・Making molecules into motors [R.Dean Astumian] (JULY 2001)
　・ブラウン運動を巧みに使う筋肉分子 [柳田敏雄] (2001年 10月号)

◆ 物理入門コース２ 解析力学 [小出昭一郎] {岩波}
◆ 物理入門コース８ 統計力学 [戸田盛和] {岩波}

◆ 量子力学を学ぶための解析力学入門 [高橋康] {講談社サイエンティフィク}

◆ 熱力学 ― 現代的な視点から {培風館、新物理学シリーズ 32} [田崎晴明]

◆ 共立全書11 統計力学 [久保亮五] {共立出版}
◆ 統計力学入門 -愚問からのアプローチ [高橋康] {講談社サイエンティフィク}
◆ 物理のキーポイント３ キーポイント熱・統計力学 [相沢洋二] {岩波}

◆ ファインマン物理学 第２巻 光・熱・波動 [R.ファインマン] {岩波}
◆ ファインマン計算機科学 [R.ファインマン] {岩波}

◆ サイバネティクス 第２版 [Ｎ・ウィーナー] {岩波}
◆ 科学と情報理論 [L・ブルリアン] {みすず書房}
◆ 基礎物理学選書15 情報理論 [佐藤洋] {裳華房}
◆ 例にもとづく情報理論入門 [大石進一] {講談社サイエンティフィク}

◆ エントロピーと秩序―熱力学第二法則への招待 [アトキンス] {日経サイエンス社}
◆ エントロピー入門―地球・情報・社会への適用 [杉本大一郎] {中公新書}
◆ 化学モノグラフ25 エネルギーとエントロピー [寺元英] {化学同人}

◆ 現代物理学の基礎９ 生命の物理 [大沢文夫、寺本英] {岩波}

◆ マックスウェルの悪魔 [都筑卓司] {講談社ブルーバックス}
◆ 不確定性原理 [都筑卓司] {講談社ブルーバックス}
◆ なっとくする熱力学 [都筑卓司] {講談社サイエンティフィク}
◆ なっとくする統計力学 [都筑卓司] {講談社サイエンティフィク}

◆ 熱とは何だろう [竹内薫] {講談社ブルーバックス}

◆ NEW SCIENCE AGE 25 エントロピーのめがね [戸田盛和] {岩波}
◆ NEW SCIENCE AGE 46 カオス - 混沌の中の秩序 [戸田盛和] {岩波}

◆ 物理学One Point 27 ブラウン運動 [米沢富美子] {共立出版}

◆ 物理数学の直感的方法 [長沼伸一郎] {通商産業研究社}

◆ 永久運動の夢 [A・オードヒューム] {朝日選書}

◆ カルノー・熱機関の研究 [サジ カルノー] {みすず書房}
◆ 物理学古典論文叢書５ 気体分子運動論 [J.C.Maxwell他] {東海大学出版}

◆ 混沌からの秩序 [I.プリゴジン、I.スタンジェール] {みすず書房}
◆ 存在から発展へ―物理科学における時間と多様性 [I.プリゴジン] {みすず書房}
◆ 構造・安定性・ゆらぎ : その熱力学的理論 [P.グランスドルフ、I.プリゴジン] {みすず書房}

◆ カオスとフラクタル―非線形の不思議 [山口昌哉] {講談社ブルーバックス}

◆ エルゴード性とは何か [中野藤生・服部真澄] {パリティ物理学コース クローズアップ}
◆ 筋肉の動きを探る [御橋 広真] {パリティ物理学コース クローズアップ}
◆ 生物物理から見た生命像　ナノ・ピコスペースのイメージング [柳田敏雄、石渡信一編] {吉岡書店}
◆ 岩波講座物理の世界 (物理と情報7) 生物分子モーター [柳田敏雄] {岩波}
◆ シリーズ・ニューバイオフィジックス４ 生物分子モーターの仕組み [石渡信一編] {共立出版}
◆ シリーズ・ニューバイオフィジックス�U １０ 生物物理学とはなにか [曽我部正博・郷　信広編] {共立出版}

◆ 創造する機械 [K・エリック・ドレクスラー] {パーソナルメディア}
◆ 見えない機械−細胞の構造とマイクロマシン [藤正巌] {オーム社}
◆ マイクロマシン−驚異の極微技術 [那野比古] {講談社現代新書}
◆ 別冊日経サイエンス138 ここまで来たナノテク {日経サイエンス社}

◆ カオスから見た時間の矢 [田崎秀一] {講談社ブルーバックス}
◆ 時間はなぜ逆行しないのか [D.レイザー] {日経サイエンス社}

◆ 皇帝の新しい心 [R.ペンローズ] {みすず書房}

◆ ユーザーイリュージョン―意識という幻想 [トール ノーレットランダーシュ] {紀伊國屋書店}

◆ 種の起源 [ダーウィン] {河出書房　世界大思想全集}
◆ 進化とは何か [Ｊ・ハックスレー] {講談社ブルーバックス}
◆ 利己的な遺伝子 [Ｒ・ドーキンス] {紀伊國屋書店}
◆ 生物進化を考える [木村資生] {岩波新書}

◆ 生命とは何か [E.シュレーディンガー] {岩波新書}
◆ 偶然と必然 [Ｊ・モノー] {みすず書房}
◆ 進化論は計算しないとわからない―人工生命白書 [星野力] {共立出版}
◆ 人工生命 [有田隆也] {科学技術出版}
◆ 遺伝的アルゴリズムの基礎 [伊庭斉志] {オーム社}

インターネット上で参考にしたものは、数限りなくあります。
ここに紹介するのは、そのうちのほんの一部です。
こうした資料を作成、公開されている方々には本当に頭が下がります。

>> WWW pages of Hal Tasaki（田崎晴明）
学習院大学　田崎晴明先生のページ
日本語で書いた文章 -> 統計物理学の基礎をめぐって がたいへん参考になった。
その他、物理数学の講義資料や、役立つ資料がある。
近いうちに統計力学の教科書が出るらしい。 出ました。
　　　　・おまけの引用コンテンツ >> 実験編　ドクター田崎エンジン

>> 京都大学オープンコースウェア
「人類の文運をたかめ、地球の輝きに貢献する」べく、授業の資料が公開されています。
なんか京大って偉いです。
私はその中の、
　　総合人間学部：
　　　　・シミュレーション概論 [早川尚男 准教授]
　　　　・熱力学 [冨田博之 教授]
　　　　・統計物理学 [冨田博之 教授]
　を参考にしました。

>> 計算発熱損失の最小値とその速度依存性 (PDF)
ランダウアーの原理に一抹の疑問を投げかける、量子磁束パラメトロンについての結果です。
こちら にメモを置きました。

>> 生物物理
日本生物物理学会の学会誌「生物物理」をOnLineで閲覧できます。
その中に、いくつか生物分子モーターに関する話題も含まれています。

>> 1分子ナノバイロジー ゆらぎと生命機能
(PDF, 3.1MB) 大阪大学 柳田敏雄
２１世紀ＣＯＥプログラム「極限量子系とその対称性」シンポジウム２００７ の資料です。

>> しなやかな生体分子機械のしくみを１分子ナノ計測で読む
(PDF, 1.3MB) 大阪大学 柳田敏雄
グリッドシンポジウム in 関西 2003 (Grid Symposium in Kansai 2003) の資料です。

>> Brownian Motor Java Applet
Java Applet による Brownian Motor のシミュレーション。 こちらに 和訳ページを置きました。

>> 首都大学 LATTICE PROJECT
「ばねでつながれた格子(lattice)の運動をモデルとして、
力学系および幾何学と可積分系の理論の基本的な概念を理解することが目的です。」
実験編のシミュレーションや、Fermi-Pasta-Uramの実験について、参考になりました。

>> From Maxwell demon to Brownian motor
Brownian Motor のシミュレーションに関する論文。 こちらに 和訳メモを置きました。

>> Tierra
人工生命のプログラム。理論編 第７章で言及しています。

>> 生命と進化 リンク消失
[松野善雄]という方が作られた、個人サイトです。
独自の視点から進化というものを包括的に論じた、意欲的で興味深い内容です。

>> マックスウェルの悪魔関作品など

当サイトでは、以下で配布されているWEB素材を利用しました。
Coolな素材をありがとうございます。

・あらたさんちのＷＷＷ素材集
・タコの缶詰