これまで「不確定」と呼んできた概念は、情報理論によって定量的に扱うことができる。 その量とは、「情報エントロピー」のことである。 情報エントロピーという用語を用いて、不確定分子モーターの原理を言い表せば次の様になる。

熱統計力学で言うエントロピーと情報理論におけるエントロピーとは、同一視できるのか、別物なのか、従来より様々な議論が為されてきた。 本論では、この２つのエントロピーは同一であるという立場を取る。 そして、取り出される仕事自身が不確定な要素（＝情報エントロピー）を有することによって、それだけのエネルギー（＝熱統計エントロピーｘ温度）が得られる、というのが本論の主張である。

（よく巷に「情報は無尽蔵にあるのだから、そこから無限のエネルギーを取り出すことができる」といった類の誤った議論を見かけることがあるが、本論の主張はそれらとは異なるので誤解なきように。）